Fin du forum

[Roger]

Voilà, c'est fini, plus de forum, plus de problèmes d'identification des espèces, à chacun d'acheter son code-barres !

Il suffit de remplacer "reptille" par "papillon" et, quand nous serons tous équipés, adieu !


http://archives.lesoir.be/biodiversite- ... ll=2&nav=1

[Brigitte62]

ben on s'equipe pas !!

[nicotof]

Comme Brigitte lol

[laurent79]

quelque part en admettant que chacun ai son lecteur de génome ,cela permettrait a tous d'enregistrer la biodiversité facilement qu'il rencontre et sans erreur , peut être un plus pour celle ci ...Maintenant on est pas prêt d'avoir cette possibilité en tout publique , mais faciliter l'identification des espèces est peut être un bon pas vers la vulgarisation et l'appropriation de plus de personne de la biodiversité et donc la sensibilisation ...Par contre la liste des sous espèce va s'allonger a mon avis ...

[Lampides]

Oui, il y a aussi tout un projet sur les codes-barres ADN des lépidoptères : http://lepbarcoding.org/index.php
Je trouve tout cela plutôt prometteur...

Evidemment, on n'est pas près d'avoir chacun notre lecteur de code-barres, et cette technique, basée sur une seule séquence (gène CO1) ne permet pas de tout identifier...
http://www.biomedcentral.com/content/pd ... 94-4-8.pdf
http://www.ecbol.org/docs/publications/ ... rflies.pdf

[Roger]

Je ne pensais pas porter le débat plus haut que de l'humour noir au second degré, mais je suis conforté dans mon sentiment qu'il y a de grandes compétences parmi tous les membres du forum, dont celles pour certains de nous faire rebondir sur des sujets sérieux. A titre personnel, sans aucune formation autre que la curiosité, je pense que les applications ADN n'en sont qu'à leurs balbutiements, que tout va très, très vite et que les applications grand public sont pour demain. J'y crois.
Nous transformerons le forum en discussions du genre "Mon lecteur ADN dit que .. mais ...".
Merci pour vos réactions.

[laurent79]

roger , il est toujours interessant d'échanger sur des sujets qui risquent un jour de révolutionner notre approche de la nature ...m'enfin bientôt finies les heures a tourner les pages des livres,a potasser les clés , a jouer aux devinettes sur les forums m'enfin bientôt ...Mais pas tout de suite ...

[smarsupilami]

Salut à tous,
en tant que biologiste de l'évolution (de formation... j'ai fait ma thèse à Poitiers), je vais apporter mon regard critique sur ce qu'on appelle le "bar-coding". Il s'agit d'utiliser un fragment de l'ADN mitochondrial pour identifier toutes les espèces présentes sur terre. Ce bout d'ADN a la particularité d'évoluer vite et donc de permettre de facilement séparer les espèces, même proches, sans présenter une grande variation intra-spécifique. Ca c'est la théorie qu'on nous balance depuis le début des années 2000 pour investir une quantité de fric monstrueuse là-dedans.
Dans la pratique, ça marche bien peut-être dans 95% des cas, mais certainement pas 100%. C'est refaire tout le travail déjà effectué par les systématiciens, avec des outils soit disant nouveaux et modernes. Et ça ne permet pas d'identifier les bestioles sur le terrain. Les séquenceurs d'ADN portables sont encore assez loin d'exister. Et même un séquenceur tout simple coûte encore pas mal d'argent.
Et puis il y a le problème des introgressions, c'est à dire en gros des hybridations et des transferts de gènes entre espèces. Beaucoup de gens pensent que les hybrides issus de deux espèces différentes sont stériles. C'est pas tout à fait vrai. Si on prend deux espèces proches, on peut les hybrider et obtenir des descendants tout à fait viables et fertiles. J'ai pas d'exemple qui me vient à l'esprit chez les papillons, mais chez les poissons cichlidés, il y a des exemples à la pelle. On peut par exemple hybrider quasiment toutes les espèces du lac Malawi entre elles et les descendants seront fertiles. ce lac compte pas moins de 2000 espèces différentes dont la spéciation remonte à maximum 7 ou 8 millions d'années.
Il y a des cas aussi, notamment chez Drosophila spp. du groupe simulans, de transfert des mitochondries et donc de leur ADN, d'une espèce à l'autre. A tel point que certaines espèces assez divergentes (comprendre par là qu'elles ne sont pas directement soeurs), partagent le même ADN mitochondrial. La bactérie Wolbachia aurait joué un rôle important. De plus, l'évolution des populations/espèces lors des évênements de spéciation (= apparition de nouvelles espèces) ne suit pas la logique d'un "arbre", mais un modèle d'évolution dite réticulée. En gros, les espèces se séparent, puis se remélangent, puis se reséparent à nouveau pour se remélanger, etc... Résultat, des espèces très proches vont partager le même ADN car elles ne sont pas encore parfaitement isolées les unes des autres.
Le concept de barcoding repose aussi sur une définition de l'espèce que je trouve erronée. En fait ils considèrent qu'à partir d'un certain nombre de différences dans la séquence d'ADN, on a deux espèces différentes. Problème, certaines espèces évoluent très vite, d'autre non. Quelle limite utiliser ? Je ne serai pas surpris si, avec leur approche, ils concluaient que le lac Victoria ne contient qu'une dizaine d'espèces alors qu'en fait il en contient (contenait) plus d'un millier... peut-être même plusieurs milliers... mais l'apparition de ces espèces s'étant faite, jusqu'à preuve du contraire, en moins de 14600 ans, l'ADN mitochondrial n'a pas eu le temps d'évoluer.... donc elles ont toutes grosso-modo le même ADN mitochondrial.... sans compter les introgressions...
Enfin, ils n'utilisent qu'un seul marqueur génétique, l'ADN mitochondrial, qui n'est généralement transmis que par la mère. Ce marqueur, très pratique à utiliser (pas besoin de clonage car il n'y a qu'une seule "version" par individu contre habituellement 2 pour l'ADN nucléaire) a subi beaucoup de critiques depuis le début des années 2000 car il n'est pas neutre. Comprendre par là que ce bout d'ADN joue un rôle biologique primordial dans les cellules et est donc soumis à des pressions de sélection naturelle importantes. Il a donc beaucoup de chance de ne pas représenter les relations de parenté réelles entre les espèces. Pour bien faire les choses, il faut utiliser un minimum de 10 ou 15 marqueurs génétiques différents (un mitochondrial, le reste nucléaire sur des chromosomes différents, voir de l'ADN chloroplastique pour les plantes) et faire des analyses statistiques complexes, malheureusement hors de portée pour la plupart des gens.
Je ne crie pas haro sur le barcoding tant qu'un nombre suffisant de marqueurs génétiques sont utilisés. Cette technique peut permettre de découvrir des espèces passées inaperçues car morphologiquement très proches des espèces déjà connues. Mais d'autres approches sont possibles pour découvrir ces espèces : manip comportementales de choix sexuel, études physiologiques, morphologiques (pointues), écologiques (préférence d'habitat, régime alimentaire, etc...), génétique des population (certes méthodes qui se rapprochent du barcoding, mais restent distinctes car les outils statistiques et les marqueurs génétiques sont différents), phylogéographiques, etc... Par contre, je m'oppose fermement à certains grands gourous des milieux scientifiques qui simplifient les choses à l’extrême pour faire un boulot bof et de finalement peu d'intérêt tout en récupérant des fonds importants pour leur travail.
Séb

[JeanJacques]

Très intéressant. Il y a apparemment trop d'empressement à vouloir coder le plus d'espèces possible, d'une façon aléatoire, au lieu de coder moins d'espèces, mais d'une façon plus sûre. On en reparlera dans quelques centaines d'années, quand ce sera plus au point...

[Roger]

Oufti !, comme on dit chez nous (+- et bien ça alors!) - ma vision humoristique du sujet est submergée par un sérieux qui me dépasse. Même si je ne comprends pas tout, je peux suivre Sébastien sur le mercantilisme et sur les résultats qui seront toujours partiellement aléatoires. On dit que ce ne sont pas les études qui font l'Homme, je trouve quand même qu'elles y contribuent généreusement.Bravo pour la démonstration. Je ne m'étonne que d'une chose. Moi qui suis en fin de parcours je suis d'un optimisme délirant sur les progrès de la Science et la perpétuelle amélioration des choses (le 1er phonographe n'avait pas la qualité de son du numérique) et, p.ex. dans le cas du "bar-coding", ses failles certaines seront un jour solutionnées, et quelque chose me dit que ça se fera très, très vite.
Comment expliquer que toi qui es en début de parcours puisse être pessimiste en te basant sur tes connaissances avérées, certes, et plus que très certainement fiables, mais qui, "évolutionisme" oblige, seront remises tôt ou tard en cause, et remplacées par du neuf, par du meilleur ?