Tout à fait, le barcoding, malgré toutes mes critiques reste une piste intéressante et indispensable dans beaucoup de cas (notamment les espèces cryptiques). Avec 15 ou 20 marqueurs différents (et indépendants), on peut sans problème monter à plus de 99,9% d'identifications correctes, y compris pour des espèces qui s'hybrident régulièrement dans la nature (on peut même identifier les hybrides de 1ère ou 2e génération !). Mais ça demande de génotyper un grand nombre d'individus sur l'ensemble des marqueurs, et ce sur l'ensemble de l'aire de répartition de chaque espèce. Ca représente un boulot colossal. D'où l'intérêt de le limiter qu'aux espèces pour lesquelles c'est indispensable ou réellement utile. Ou pour rechercher des espèces critiques là où on soupçonne leur existence.
Une telle approche peut être très puissante. En génétique des populations, on peut même assigner les individus à leurs populations d'origine avec tant de marqueurs. Par exemple, dire si une petite tortue a été capturée près de Paris ou près de Lille (à condition d'avoir les données de référence).
Je suis très critique vis-à-vis du barcoding, car c'est montré comme un truc révolutionnaire, alors que le seul résultat sera un éloignement des chercheurs encore plus grand du monde réel et de ce qui se passe dans la nature. Dans l'article que tu as mis en lien, ils indiquent, que combinés, l'utilisation des genitalia et de la morphologie de l'aile permet d'identifier sans problème 95,6% des espèces (pour les individus mâles). Ca reste mieux que le barcoding seul. En combinant les trois, ils atteignent 97,8%. Ce qui me conforte dans l'idée qu'un bon systématicien ne se basera pas que sur une approche, mais sur un ensemble d'approches (dont le barcoding) et qu'il choisira ses outils en fonction des espèces rencontrées. Tout comme un mécanicien choisira la taille de sa clé en fonction de la taille du boulon à resserrer et ne prendra pas un tournevis pour planter un clou. J'aime bien quand même une phrase dans laquelle ils disent que les espèces qui posent problème au niveau morphologie, posent aussi problème au niveau barcoding...
Je suis très critique sur le barcoding basé sur le seul COI car il y a une certaine imposture scientifique derrière à mon sens. Les problèmes posés par cette approche ne sont pas assez mis en avant par les instigateurs de ce vaste projet. Et malheureusement, j'ai pu constater à de nombreuses reprises que le monde de la recherche n'est pas aussi brillant qu'on pourrait le croire. C'est plutôt un monde de requins où, pour certains (et heureusement pas tous, du moins pas encore) tous les coups (ou presque) sont permis pour publier plus que le voisin, l'objectif n'est plus forcément de faire de la recherche, mais d'avoir le plus de publications possibles.
Il y a un autre problème au barcoding. Pour avec la séquence COI d'une espèce, il faut déjà l'avoir identifiée par un autre moyen...
Séb
Questions de néophyte un peu larguée ...
